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高美濕地雖然面積不大，但是由於泥質及沙質灘地兼具，加上與河口沼澤地帶鑲嵌在一起，所以孕育了豐富又複雜的濕地生態，以及目前所知全臺灣最大族群的雲林莞草區，形成乾濕相間伴有植物生長的複雜地形，因為地形多變，生態種類亦相當複雜，主要種類為鳥類、魚類、蟹類及其他無脊椎類等生物；每年秋冬之際，都會有大批的候鳥前往作客，不管是短暫的休息，或是駐足過冬，都為高美濕地增添了不同的生態風貌，更成為賞鳥人士的新據點。